El Instituto está interesado en el desarrollo del pensamiento sistémico en general y particularmente en los aspectos teóricos de los sistemas biológicos. En el Departamento de Biología Teórica y Sistémica se espera contribuir al desarrollo de la sistémica mediante el modelamiento matemático-computacional y conceptual. La biología teórica en el mundo tiene una historia particularmente ligada a los orígenes del pensamiento sistémico y Chile tiene parte de su historia intelectual entroncada con esa tradición, con la cual nos sentimos ligados y empapados de su herencia. Los temas de trabajo en el departamento se centran especialmente en evolución, ecología, aspectos sistémicos de los seres vivos y aspectos análogos que comparten los sistemas biológicos con los sistemas sociales.