La Ecología Microbiana es un área multidisciplinaria que utiliza bases conceptuales genéticas, moleculares, biogeoquímicas y ecológicas para comprender distintos aspectos de la vasta mayoría microbiana. Esta área presenta un acelerado crecimiento a nivel mundial lo que se refleja en el aumento del impacto de las publicaciones y en la inclusión de estos conceptos en diversas áreas del conocimiento. Los microorganismos son capaces de colonizar y habitar la mayoría de los ambientes conocidos en el Planeta incluyendo aquellos con características ambientales  inhóspitas y estrictas para el desarrollo de los organismos. Tal entendimiento ha fortalecido la idea basal y visionaria de que “todo está en todas partes, pero el ambiente selecciona” (Baas-Becking, 1934), lo cual ha generado un gran interés por entender el rol y funcionalidad de aquellos microorganismos que habitan por ejemplo, el ecosistema humano.
     Estimaciones actuales señalan que sólo conocemos el 0,01% de los microorganismos (Simon & Daniel, 2010) que habitan el océano, lo cual probablemente sea también reflejado en otros ambientes y que sea aún mayor si se incluyen los virus. Este conocimiento se refiere principalmente a la biología de los microorganismos cultivados y la descripción de nuevos grupos filogenéticos mediante aproximaciones independientes de cultivo que se basan en la comparación de secuencias de genes con aquellas de microorganismos conocidos. En este contexto, el actual crecimiento de la Ecología Microbiana se relaciona con el desarrollo y aplicación de nuevas tecnologías de secuenciación masiva y herramientas bioinformáticas, lo cual ha permitido generar una inmensidad de información genética que debe ser analizada y contextualizada de acuerdo a las preguntas basales de investigación. Varios autores se han referido a esta apertura de información y generación de conocimiento como un renacer del naturalismo, que involucra observación, inferencia y entendimiento de los sistemas (Wilson, 2008). Esta visión actual, donde los microorganismos son actores principales del funcionamiento de los ecosistemas y que conviven a nivel celular con taxa superiores, ha llevado al desarrollo de marcos teóricos distintos al enfrentar desafíos de aplicabilidad y de comprensión de la fisiología y metabolismo de los organismos. La convivencia celular de células eucariontes y microbianas en las mismas condiciones ambientales debería tener relaciones más profundas que las que se conocen, por ejemplo en el intestino humano. Es decir, la concepción de que los organismos superiores están conformados sólo por células eucariontes debería actualizarse por una “convivencia celular de los tres dominios de la vida”.