El Instituto de Filosofía y Ciencias de la Complejidad está organizado en Departamentos, interconectados entre sí, pero con proyectos y actividades diferentes, las cuales son lideradas por sus Directores. Siguiendo el espíritu interdisciplinario del Instituto, los Departamentos no trabajan aisladamente sino que, por el contrario, trabajan de forma cooperativa y con perspectivas de diálogo y utilización de herramientas transversales. Muestra de esto es que varios miembros del Instituto pertenecen a más de un Departamento, colaborando en diferentes proyectos y conectando diferentes áreas temáticas.